การใช้ยาต้านจุลชีพ หมายถึงการเลือกใช้ยาปฏิชีวนะและยาที่สังเคราะห์ขึ้นมา เพื่อให้ยาออกฤทธิ์ไปทำลายหรือยับยั้งการเจริญของเชื้อแบคทีเรียก่อโรค ปัจจุบันยามีมากมายหลายกลุ่ม อีกทั้งยังมีการผลิตยตำรับใหม่ขึ้นมาเรื่อยๆ ยาที่ผลิตขึ้นมาใหม่ส่วนใหญ่เป็นการพัฒนามาจากตัวยาแม่บท หรือยาบางตัวอาจมีการสังเคราะห์ขึ้นมาใหม่เลย แต่อย่างไรก็ตาม การใช้ยาเพื่อรักษาโรคควรใช้อย่างมีเหตุผล ถูกต้อง และเหมาะสม เพื่อให้ได้ผลการรักษาที่ดีกว่าและสิ้นเปลืองค่าใช้ที่จ่ายน้อยลง

การใช้ยาต้านจุลชีพเพื่อการรักษาโรคติดเชื้อมี 2 ปัจจัยสำคัญที่ต้องคำนึง

ความไวของเชื้อและระดับยาในร่างกาย นั่นคือ กระบวนการดูดซึม การกระจายตัวและการกำจัดออกนอกร่างกาย
ข้อที่สอง คือ อันตรายหรือฤทธิ์อันไม่พึงประสงค์ของยาที่มีต่อร่างกาย

หลักการพิจารณาเลือกใช้ยาต้านจุลชีพ ต้องรู้ความไวของเชื้อแบคทีเรียต่อยาต้านจุลชีพ

   ความไวของเชื้อดูได้จากผลการใช้ว่ายารักษาหายหรือไม่หายอย่างไร ค่าความไวของเชื้อต่อยาแต่ละชนิดหาได้จากการทดสอบในห้องปฏิบัติการ โดยไม่มีปัจจัยเกี่ยวกับร่างกายของสัตว์เข้ามาร่วมด้วย ซึ่งการรักษาให้ได้ผลดีนั้น ปริมาณของยาในบริเวณหรือตำแหน่งที่มีการติดเชื้อจะต้องมีปริมาณที่สูงพอที่จะฆ่าทำลายเชื้อหรือยับยั้งการเจริญของเชื้อได้ภายในระยะเวลาที่เหมาะสมที่ร่างกายจะสามารถกำจัดเชื้อให้หมดได้ หรือปริมาณยาในเลือดหรือเนื้อเยื่อส่วนต่างๆ จะต้องมีปริมาณที่สูงกว่าค่า Minimum inhibition concentration (MIC)

ค่า MIC คือ ค่าความเข้มข้นของยาในระดับต่ำสุดที่สามารถยับยั้งการเจริญของเชื้อแบคทีเรีย เป็นค่าที่นิยมใช้บ่งบอกถึงความไวของเชื้อที่มีต่อยาและเป็นค่าที่ใช้ประกอบการพิจารณาถึงขนาดของยาต้านจุลชีพแต่ละชนิด

   ถ้าเชื้อมีความไวต่อยา หมายความว่า ค่า MIC ของเชื้อนั้นต้องต่ำกว่าครึ่งหนึ่งของระดับยาในเลือดหรือต่ำกว่า ¼ ของระดับสูงสุดของยาในเลือด การทดสอบความไวของเชื้อที่นิยมใช้ในการทดสอบทางสัตวศาสตร์ มี 2 วิธี คือ Dilution test และ Agar disk diffusion test

Dilution test: เป็นวิธีการหาความเข้มข้นต่ำสุดของยา Minimum inhibition concentration (MIC) ที่สามารถยับยั้งการเจริญของเชื้อจุลชีพ หาได้จากการเจือจางยาให้มีความเข้มข้นต่างกันใส่ลงไปสัมผัสกับเชื้อที่กำลังเจริญในอาหารเลี้ยงเชื้อชนิดเหลว (ในหลอดทดลอง)
Agar disk diffusion test: ทดสอบโดยการวางแผ่นกระดาษกรองมาตรฐานที่อิ่มตัวด้วยสารละลายยาขนาดต่างๆ วางบนอาหารเลี้ยงเชื้อที่ได้ผสมเชื้อที่ต้องการทดสอบ ทำการบ่มเพาะเป็นเวลา 18 ชั่วโมง ที่อุณหภูมิ 30 องศาเซลเซียล ซึ่งเป็นการตรวจกรองฤทธิ์การยับยั้งเชื้อจุลชีพของยาเบื้องต้น ซึ่งบอกผลในเชิงคุณภาพว่าเชื้อมีความไวต่อการทดสอบหรือไม่ โดยวัดเส้นผ่าศูนย์กลางจากบริเวณโซนใสของการยับยั้ง (clear zone inhibition)

ขนาดการใช้ยาที่ถูกต้องสำคัญอย่างไร?

   ในการใช้ยาต้านจุลชีพเพื่อการรักษาโรคติดเชื้อให้ได้ผลได้ดีนั้น ข้อสำคัญอยู่ที่ระดับของยาในร่างกายจะต้องอยู่ในระดับที่จะให้ผลการรักษา และระดับของยาจะต้องคงอยู่ตลอดระยะเวลาการใช้ยา เรียกระดับของยาในเลือด คือ Minimum effective concentration (MEC) ซึ่งเป็นระดับของยาที่ออกฤทธิ์ต่อเชื้อ และเป็นระดับที่มีความปลอดภัยต่อสัตว์ ดังแสดงในกราฟที่ 1 ซึ่งยาต้านจุลชีพจะคงอยู่ในระดับที่ร่างกายสัตว์ต้องการหรือรักษารักษาโรคได้นั้น ต้องขึ้นอยู่กับปริมาณของยา และความถี่การใช้ยา ของยาต้านจุลชีพนั้นๆ และชนิดของสัตว์